El valle en donde se asienta Esquel era utilizado por las poblaciones orignarias de la zona pncipalmente como lugar de tránsito. Los Tehuelches (anteriormente llamados Puelches, “Gente del este”), y luego los Mapuches (“gente de la tierra”), fueron los que más tiempo habitaron la zona. Los registros más antiguos que existen sobre población humana en la Patagonia datan de 11 mil años y 4 mil desde que una cultura similar a la Tehuelche se asentó en el lugar. Parte de ellos dominó estas tierras hasta la llegada de los españoles. Los Tehuelches eran un pueblo nómade que basaba su economía en la caza y en la recolección de productos de la tierra, principalmente el guanaco, por la carne y el cuero que les servía para vestirse y para construir los toldos en los que vivían. Cazaban con arco y flecha o con boleadoras y se vestían con taparrabos, mocasines y quillangos de cuero (una especie de poncho). Entre sus características se puede destacar que eran monoteístas, creían en el dios “Kooch” y en la vida después de la muerte. Además enterraban a sus muertos en Chenques, sepulturas situadas sobre los puntos más elevados del terreno o en la cima de las montañas. Durante el siglo XVII, desde el otro lado de la cordillera ingresaron los Mapuches al territorio y lograron, luego de un largo proceso, desplazar a losTehuelches. Los Mapuches eran cazadores de guanacos y choiques y utilizaban arco, flecha y boleadoras, pero también el lazo y la honda. Con la incorporación del caballo comenzaron a usar una larga lanza para la caza. Creían en el dios Ngenechén y también en un espíritu del mal llamado Hualichu. Con las invasiones inglesas(durante los años 1806 y 1807) algunos caciques Pampas y Tehuelches ofrecieron, sin respuesta del gobierno, a sus hombres y caballos para hacer frente a los ingleses. Después de la Revolución de Mayo de 1810 el gobierno retomó una política más ofensiva contra los pueblos originarios: se los enviaba como prisioneros a realizar pesadas tareas o quedaban reducidos en reservas. Los que lograron sobrevivir en ellas tuvieron que pasar por largas gestiones para lograr un título de propiedad colectiva que les permitiera subsistir en un sistema de propiedad distinto. La lengua Mapuche sigue viva en sus descendientes que, pese a las dificultades, conservan con ella parte de su cultura. En la actualidad en la provincia del Chubut hay diferentes comunidades y la más cercana a Esquel es la de Nahuel Pan, que queda a unos 18 kilómetros de la ciudad. Otras de ellas son la denominada Buenos Aires Chico, ubicada en la jurisdicción de El Maitén y Lago Rosario en la zona de Trevelin.